Divers organismes, avec des modes d'affiliation et de cotisation spécifique, sont habilités à gérer la Sécurité sociale.
Les Caisses primaires d'assurance maladie gèrent le régime général des salariés, la Mutuelle sociale agricole gère le régime des exploitants et des salariés agricoles, la Caisse des travailleurs non-salariés gère le régime des artisans, commerçants et professions libérales...
Les étudiants ont leur propre régime de Sécurité sociale, administré par des sections locales de mutuelles étudiantes : les mutuelles régionales pour la plupart regroupées au sein de l'Union des sociétés étudiantes mutualistes (
l'USEM) ou la Mutuelle des étudiants (
LMDE).